儿童呼吸科成立于上世纪70年代后期，是国务院首批硕士学位授予点，1995年，“浙江省小儿呼吸疾病诊疗研究中心”落户本学科；1997年，被列为首批浙江省医学重点学科；2011年10月入选浙江省卫生厅首批“医学重点支撑学科”；2011年11月入选国家临床重点专科，是温州市第一个入选国家重点临床专科的学科。在黄达枢教授、吴荣熙教授、李昌崇教授、张正霞教授和罗运春教授等前辈的引领下，儿童呼吸科已经成为国内有突出影响力的学科。

儿童呼吸科目前拥有一支技术精湛、结构合理、实力雄厚的专业队伍，现有医护人员60余人，其中医师25人：教授/主任医师7人、副教授/副主任医师5人，主治医师4人，博士生导师1人，硕士生导师4名。科室现有专科床位64张，每年出院2500余人次，年门诊量超过10万人次。

儿童呼吸科由呼吸病房、呼吸门诊及治疗室、肺功能室、儿童支气管镜室组成，设立呼吸系统感染性疾病、慢性肺和气道疾病、支气管镜介入等亚专科，致力于推动儿童呼吸系统常见病、多发病的规范化治疗，诊治病种包括肺炎、毛细支气管炎、支气管哮喘、胸腔积液、闭塞性细支气管炎、支气管扩张症、间质性肺疾病、免疫缺陷病及神经肌肉疾病合并肺部感染、肺含铁血黄素沉着症、先天性呼吸系统畸形等。科室开展儿童支气管镜检查及各类介入治疗、病毒性呼吸道感染的病原学诊断、儿童肺功能系列检查等技术，又相继开展经硬质支气管镜术、经支气管镜硅酮支架植入术、鼻部刷检纤毛超微结构检查、肺部超声等新技术，诊治了一大批疑难危重病例。

儿童呼吸科在积极开展临床和护理工作的同时，还积极开展社会服务和科普宣传，曾获得“国家卫生计生委先进集体”、“浙江省优质护理示范病区”、“浙江省巾帼文明岗”、“温州市抗击新冠疫情先进集体”等荣誉。